Pero la belleza natural no es el único atractivo de Hierve el Agua, ya que es también un sitio arqueológico que ha permitido estudiar diversos aspectos de la cultura y forma de vida de los antiguos habitantes de la región.

Con base en investigaciones de arqueólogos, biólogos y geólogos, se ha logrado entender la construcción y funcionamiento de las terrazas y canales que cubren una amplia extensión en torno a la zona del anfiteatro, que es la que recibe visitantes. Además, se ha determinado que se trata de un antiquísimo sistema de riego, único en su tipo en México, donde los antiguos habitantes desarrollaron una agricultura orientada al máximo aprovechamiento del agua de los manantiales hace más de 2 mil 500 años.